脑炎复查一般包括临床症状、医生查体的体征、头部磁共振、脑电图、采血各种生化化验，甚至进行腰椎穿刺术和脑脊液的化验检查。脑炎的患者首先要看病人当时的症状是否完全消失，能够查到的阳性体征是否消失，比如常见的病理征、颈强、柯氏征是否消失。
另外，需要看头部影像学检查是否恢复，比如病毒性脑炎的额颞叶病变，还可以做脑电图看是否恢复到正常的脑电图，还要采血化验病人的血常规、生化系列，以及血沉等各种炎性的指标是否恢复正常，必要时还要做腰椎穿刺术和脑脊液的化验，确认脑脊液中白细胞蛋白、糖、氯、压力是否都恢复到正常。