小孩窦性心律不齐主要有两方面原因，考虑具体情况如下：
1、交感神经和副交感神经的兴奋性问题：正常人体当中存在有两套神经系统，一套是交感神经，当交感神经兴奋性升高时，整体的血压升高、心率加快，另一套是副交感神经，当副交感神经的兴奋性升高时，会出现血压下降、心率减慢。如果小孩经常会出现情绪波动，容易引起交感神经和副交感神经兴奋性的改变，患者经常会由于两套神经系统的互相干扰，而引起窦性心律不齐。
2、呼吸影响：越是年轻人，包括孩子，越容易受呼吸运动的影响，人体在吸气过程当中和吐气过程当中都会出现心率的改变，所以患者也会由于呼吸运动影响而引起窦性心律不齐。