巧克力囊肿是指子宫内膜异位到卵巢上，每个月来月经的时候卵巢上的子宫内膜出血，但是又不能随着子宫血排出来，出血会逐渐增多形成囊肿，并且逐渐增大，然后陈旧性的血会逐渐变成巧克力色俗称巧克力囊肿。大多数是因为子宫内膜受到损伤，比如多次做人流、月经期子宫内膜脱落不全或者月经还没有彻底干净就有性生活等都会导致子宫内膜异位游走，并随着血流、淋巴或者血管播散，从而异位到卵巢上形成巧克力囊肿。