根管治疗第三次通常是去进行根管充填，主要步骤包括去除窝洞表面的暂封物，取出根管内放置的樟脑酚等药棉。冲洗、干燥后，测量根尖孔到根管口的工作长度，将氢氧化钙或碘仿等糊剂均匀涂布在根管周壁。之后采用垂直加压或侧压的方式，将牙胶尖密闭，充填管腔，并去除多余物质。
根管口可放置聚羧酸锌水门汀或玻璃离子体水门汀等垫平，再应用复合树脂充填窝洞，恢复牙冠解剖形态，调合去除早接触点，避免形成干扰。最好应用硅胶磨头蘸抛光膏，将充填物表面打磨光滑，减少牙菌斑滞留。