脑干出血的治疗方法主要是内科治疗，包括急性期积极脱水降颅压、减轻脑水肿以及针对并发症的治疗，比如坠积性肺炎的抗炎治疗、离子紊乱的纠正、补液、应激性溃疡的抑酸治疗、发热的退热治疗、高血压的降压治疗等。强调早期康复，促进神经功能恢复，具体介绍如下：
第一、如果病人有其他并发症需要针对并发症进行治疗，比如长时间卧床导致的褥疮、泌尿系感染等。
第二、手术治疗，但是由于脑干出血的部位的特殊性，因为人的呼吸心跳中枢位于脑干，因此手术治疗一直被认为是脑干出血的禁忌。近年来由于科技的发展，有的医生勇于向脑干出血的手术治疗发起挑战，目前有部分非常有经验的医师可以选择进行脑干出血的微创显微镜血肿清除术，有一定的疗效。