肺小血管炎应该在风湿免疫科就诊，因为肺小血管炎，也称为抗中性粒细胞胞浆抗体相关性肺小血管炎，是原发性小血管炎累及肺脏血管的一组疾患，本身属于自身免疫性疾病。所以，一般应在风湿免疫科就诊。
但由于其临床表现有时没有特异性，可能有不同程度的咳嗽、咯血、胸痛、呼吸困难，这种情况可能病人因为首发症状，而在其他科室就诊，比如呼吸科、胸外科，但在其他科室就诊后，如诊断明确，仍应在风湿免疫科进行治疗。而这种疾病还有其他累及全身的表现，如发热、乏力、消瘦、关节疼痛，可能会因为这种症状在其他科室就诊。但无论出现什么样的症状，只要就诊明确诊断以后，仍应回到风湿免疫科进行专业治疗。