动脉导管未闭诊断明确以后如果没有禁忌症，应该进行择期的手术，中断导管处的血流。目前，大多数动脉导管未闭的患者，都可以通过经心导管介入的方法得到根治。对于过于粗大或早产儿的动脉导管未闭，可以考虑使用开胸缝扎的方法。近些年来，对早产儿因动脉导管未闭引起的呼吸窘迫综合征，可以先采用促导管闭合的药物治疗，如果效果不佳，可以进行手术治疗，动脉导管未闭的手术大多数应在学龄前进行。如果分流量比较大，症状比较严重，则应该进行提前手术。
年龄过大时发生肺动脉高压后，手术的危险性增大且疗效较差。患者如果有细菌性动脉、内膜炎时应暂缓手术，但如果药物控制感染效果欠佳，仍应该争取手术，术后继续使用药物进行控制感染，一般来讲术后的感染很容易得到控制。