儿童咽峡炎采取病因治疗和对症治疗两种方法，病因治疗首先考虑咽峡炎的病因，是细菌、支原体感染还是病毒感染，要做病原学的检测，明确病因之后针对病因进行治疗。细菌感染首选青霉素和头孢霉素，也就是先锋霉素，支原体感染首选是阿奇霉素或者红霉素，病毒感染不需要用抗生素，进行一般护理，多饮水、休息、少吃刺激性的食物，逐渐可以恢复。
咽峡炎同时伴有咳嗽的症状要对症治疗，但是有一种叫迁延性的咽峡炎治疗比较困难，孩子的症状就是不断清嗓子或者轻咳，感觉咽部不适，这个时候不再要继续用药，而且局部最好要用物理疗法，比如超声波的微波、短波，激光的局部物理治疗，有利于慢性炎症的恢复。同时要注意生活的护理，不要吃过于刺激性的食物，不要吃得过咸、过甜、过辣，多饮水就会恢复的快。