长期服用强的松可以造成免疫系统、消化系统、内分泌系统以及骨骼、肌肉系统的副作用，强的松是糖皮质激素，具有免疫抑制作用。强的松可以降低人们对细菌、病毒的抵抗能力，可以诱发或者加重感染。
强的松可以造成内分泌系统紊乱，如升高血糖、增加体重，形成满月脸、水牛背的体貌，还可能引发多毛症状。长期服用强的松可以造成皮肤以及黏膜组织变薄，容易引发破溃。
因此长期服用强的松的患者应该预防消化道溃疡的发生，强的松可以影响肠道对钙质的吸收，加速骨骼中钙质的流失而引发骨质疏松，甚至骨折。长期服用强的松的患者，特别是老年患者应该注意补钙。