扁桃体化脓的病因大多数是细菌感染导致，病毒感染占一少部分，还有一部分是理化因素刺激造成，比如高温、粉尘、烟雾，还有化学气体的刺激。
对于细菌感染这一类病因以球菌感染多见，尤其链球菌会更常见，病毒感染是占一少部分。细菌感染往往引起化脓性的炎症，球菌感染比较多见，以链球菌多见，所以敏感的消炎药是青霉素类。如果青霉素不过敏，可以口服或者静脉输液青霉素类的消炎药，或者头孢类的消炎药。
病毒感染是一少部分，所以这一类型的扁桃体炎引起的叫单纯性扁桃体炎，一般症状不重，很少有化脓，大多数不需要用抗菌素。