巧克力囊肿又称子宫内膜异位症，它的症状因人而异，既可因病变的部位不同而出现不同的症状，约20%的患者无明显不适。第一、出现痛经和持续性下腹痛，继发性痛经是巧克力囊肿的典型症状，且多岁局部病变加重而逐年加剧，疼痛多位于下腹部及腰骶部，可放射至阴道、会阴、肛门或者是大腿，常于月经来潮前的1-2天就开始，经期第一天最严重，以后会逐渐减轻，到月经干净的时候消失。第二、月经失调，15%-30%的患者有经量增多、经期延长，或者是经前点滴出血，月经失调可能与卵巢无排卵，黄体功能不足，或同时合并有子宫腺肌病或者是子宫肌瘤有关系。第三、不孕，正常妇女不孕率约为15%，巧克力囊肿患者可高达40%。第四、性交痛，性交时由于宫颈受到碰撞及子宫的收缩和向上提升，可以引起疼痛，一般表现为深度性交痛。第五、其他的特殊症状，阴道子宫内膜异位症患者可以出现腹痛、腹泻或者是便秘，甚至有周期性少量的便血。除上述各种特殊症状以外，卵巢巧克力囊肿破裂的时候，陈旧的暗黑色黏稠血液流入腹腔，可以引起突发性的剧烈腹痛，伴有恶心、呕吐和肛门坠胀。疼痛多发生在经期前后或者是经期，其症状类似于输卵管妊娠的破裂。