十二指肠球炎的治疗方法同十二指肠溃疡，见于以下几方面：
1、抑制胃酸分泌，包括质子泵抑制剂和组胺H2受体拮抗剂。质子泵抑制剂的抑酸作用强，可使胃内达到无酸水平，包括奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等药物，与泌酸的酶结合后作用不可逆，多在2-3天内控制症状，溃疡愈合病例高于H2受体拮抗剂。
2、根除幽门螺杆菌，十二指肠炎及十二指肠溃疡无论活动与否，都是根除幽门螺杆菌的主要指征之一，对于有并发症和经常复发的十二指肠溃疡，应追踪抗幽门螺杆菌的疗效。
3、保护胃黏膜，包括铋剂以及弱碱性的抗酸剂，比如铝碳酸镁、磷酸铝、硫糖铝、氢氧化铝凝胶等药物。