细菌性心内膜炎的首要治疗就是要尽早足疗程的应用抗生素，这样可以减轻对心瓣膜的损害，保护心脏功能，防止和减少合并症的发生。但是对于清除药物难以治愈的病原体感染病灶，我们可以考虑外科手术治疗。其它的治疗方式还包括对于并发症的处理，例如对于心力衰竭需要进行抗心衰处理。