孩子发烧39℃是会自愈的，发烧不是发烧越高病情越严重，孩子出现病毒感染，轻症的病毒进入体内后，机体反应能力相对比较强，体温中枢会自动的因为外界病毒侵入的病原微生物产生致热源，会让孩子的体温中枢出现调定点的提高，调定点出现39℃，孩子就可能出现39℃的发热，与自身的机体状态有关，一旦发烧状态出现后，对侵入的病毒有自动的抑制作用，抑制活跃性和复制性。
病毒是有相对强的抑制作用，发烧机体自身的免疫系统也开始活跃，吞噬细胞和中性粒细胞都会明显的活跃起来，对于病毒的杀灭也起到作用。发热是有天然的免疫防御作用，也会对机体造成损害，孩子发热如果自身抵抗力比较强遇到的病毒相对不强，虽然出现39℃高热，但是随着机体的状态恢复，逐渐就会杀灭全部的病毒，达到治愈，但并不是所有的发热39℃都能达到自愈，不要侥幸存在这种心理，如果长时间不能缓解应该到医院就诊。