巧克力囊肿在临床上一旦发现，要尽快手术治疗。因为巧克力囊肿可以引起进行性加重的痛经，并且可以造成不孕不育，所以一旦发现，尽快给予手术治疗。最好在月经干净3-7天内手术，因为此时盆腔没有充血的状态，术中出血量相对会比较少。由于巧克力囊肿在临床上具有复发性，即使做了手术也有可能会复发，所以除了定期检查之外，还要在术后给予达菲林治疗。对于已婚女性，如果在临床上没有计划生育的要求，在术后可以上曼月乐环进行治疗。曼月乐环可以使子宫内膜萎缩，达到停经或月经量减少的目的，使异位症的病灶也出现萎缩，达到治疗、预防复发的目的。