肛瘘是发生在肛门周围组织中常见的肛肠疾病，它是肛管或直肠下端与肛门皮肤之间发生的异常通道，一般为肛管直肠下端和周围感染形成肛周脓肿产生的后遗症。肛瘘由内口、瘘管和外口组成，内口在肛管内肛窦处是肛瘘的感染源和起始端。
肛窦感染向周围组织间隙扩散形成肛瘘。感染扩散的通道形成为瘘管，瘘管有深有浅有一支也有多支，感染在肛周皮肤的破溃口为肛瘘外口，外口有一个或多个，肛瘘有高位和低位之分，也有简单和复杂之分。