偏头痛用艾灸治疗也是要建立在中医辨证论治的基础上，要分清偏头痛的发作是寒性还是热性的。如果是寒性的偏头痛发作，患者往往年龄偏大，而且平时就有畏寒、怕冷，女性还有痛经等问题，这时治疗偏头痛艾灸就可以取督脉的穴位为主，艾灸的部位也可以偏人体的上半部分，比如大椎穴、风府穴或者督脉上其它的穴，如至阳穴、筋缩穴、陶道穴，都是可以艾灸的。
如果偏头痛的性质是偏热，就可以偏于艾灸人体下半部位的穴位，以便于能够引火归元，这个时候采用的穴位，就以脾经或者胃经的穴位为主，常用的穴位，比如丰隆穴、足三里穴、三阴交穴或者阴陵泉穴都是可以的。所以，并不是所有的偏头痛患者都适合用艾灸治疗，需要先明确偏头痛的中医辨证分型，然后再选取穴位。艾灸治疗虽然方便、安全，但最好也是还要在医生的指导下进行。