溃疡性结肠炎的主要症状是黏液脓血便，克罗恩病黏液脓血便的表现相对比较少。从病变分布来讲，溃疡性结肠炎的病变分布通常是连续性的分布。克罗恩病的病变分布是阶段性的分布，病变与病变之间，可看到正常的黏膜。
溃疡性结肠炎可看到直肠的受累。克罗恩病直肠可以没有病变。对于有狭窄病变的病人，溃疡性结肠炎的狭窄通常是表现为中心性的狭窄，克罗恩病的狭窄通常表现为偏心性的狭窄。内镜底下溃疡性结肠炎可看到黏膜充血、红肿、呈颗粒样的改变、血管纹理消失、黏膜脆性增高、弥漫分布的糜烂和溃疡。
克罗恩病主要是重型溃疡，黏膜呈铺路石样改变，病变与病变之间的黏膜可以是正常的。在病理里边，溃疡性结肠炎主要是呈弥漫性的炎症，隐窝脓肿、隐窝的破坏以及杯状细胞减少等等改变。
克罗恩病的病理主要是裂隙状的溃疡，非干酪样肉芽肿以及黏膜下层的淋巴组织细胞聚集等等。