首先，要增加膳食纤维和多饮水，养成定时排便习惯，增加体能运动，避免滥用泻药等。膳食纤维的补充是功能性便秘首选的治疗方法，因膳食纤维本身不被吸收，纤维素具有亲水性，能吸收肠腔的水分，增加粪便容量，刺激结肠蠕动，增强排便能力，富含膳食纤维的食物有麦麸、蔬菜、水果等。
其次，经上述处理无效可酌情选用促胃肠动力药、泻药及盐水灌肠治疗。泻药通过刺激肠道分泌和减少吸收，增加肠腔内渗透压和流体静力压而发挥导泻作用，一般分为刺激性泻剂，如大黄、番泻叶、酚酞、蓖麻油；盐性泻剂如硫酸镁；渗透性泻剂如甘露醇、乳果糖；膨胀性泻剂如麸皮、甲基纤维素、聚乙二醇、琼脂等；润滑性泻剂如液状石蜡、甘油。可根据便秘的轻重有针对性地选择泻剂，慢性便秘以膨胀性泻剂为宜，仅在必要时选择刺激性泻剂，不可长期服用。促动力药，常用的药物有莫沙必利和伊托必利。