患者在睡觉起来时后脑勺疼的原因有以下几个：
1、如果患者后脑勺疼痛的同时伴有颈部僵硬、不舒适，考虑是颈椎疾病引起的。比如因为睡眠姿势不当，患者既往有颈椎间盘突出、椎体不稳、椎管狭窄等问题，会导致患者的颈部肌肉处于劳损状态，使后脑勺部位的头皮被牵拉，因此会出现疼痛。
2、如果患者既往有神经性头痛、偏头痛的病史，有可能是原发性头痛的发作。
3、患者睡觉起来时后脑勺疼痛，如果疼痛程度非常剧烈，伴有喷射样呕吐，考虑是蛛网膜下腔出血或者小脑出血等严重疾病引起的，一定要及时就诊。