晨起恶心对于育龄期女性来说，要除外妊娠的可能性。如果排除妊娠的可能，考虑存在消化系统的疾病，包括胃部和肝、胆、胰的疾病。常见的是胃部疾病，包括慢性胃炎、溃疡病以及消化不良等，也有功能性疾病，比如功能性消化不良，也有可能会导致晨起恶心的症状。
鉴别上需要行相关检查，如幽门螺杆菌检测、胃镜检查，以及血生化检查、腹部B超检查等。除外器质性的原因，大部分病人可能是因为功能性因素，除功能性消化不良以外，还包括慢性咽炎以及夜间的鼻后滴漏综合征等，都有可能导致晨起恶心，需要到耳鼻喉科就诊。