手足口病是由多种肠道病毒引起的急性传染病，目前没有特效的治疗该病毒的药物和治疗手段。本病如无并发症，预后一般良好，多在一周内痊愈，治疗方法通常为一般治疗及对症治疗。一般治疗主要包括以下几点：
一、为避免交叉感染应隔离至体温正常、皮疹消退为止，一般需两周，患儿使用的物品应彻底消毒，患儿粪便需经含氯消毒剂消毒两小时后倾倒。
二、注意休息，多饮温开水，饮食宜清淡、易消化、富含维生素，口腔有糜烂时进流质饮食，禁食刺激性的食物。
三、每次餐后应用温水漱口，口腔有糜烂时可涂青霉素。
四、患儿的衣服、被褥保持清洁、干燥，剪短患儿的指甲，防止抓破皮疹，若疱疹破裂，可局部涂擦1%的甲紫或抗生素软膏。
对症治疗包括以下几点：
一、低热或中度发热，可让患儿多饮水，如体温超过38.5℃，可使用解热止痛药。
二、有咳嗽、咳痰者给予镇咳祛痰药。
三、呕吐、腹泻者应及时补液，另外早期可采用广谱抗病毒药物进行治疗，如利巴韦林、α干扰素等。