植物神经功能紊乱如果是急性发作，一般跟刺激的事件、自身的耐受程度和事件去除等因素有关，一般1-2周内通过药物的干预，可能就可以治好。
对于一些慢性长期的植物神经功能紊乱，需要通过综合的治疗，通过生活习惯、睡眠习惯和饮食习惯的调整，再给予安眠的药物来调整情绪焦虑和睡眠。通过5-羟色胺再摄取抑制剂，如氟西汀、帕罗西汀、舍曲林等，改善焦虑、抑郁症状。用去甲肾上腺素再摄取抑制剂，如文拉法辛和米氮平，可以调整躯体的症状和睡眠的障碍，来改善植物神经功能紊乱引起的症状。通过半年的治疗，如果症状消失，可以逐步的减量，减药也需要半年以上的时间，总共是一年到一年半的时间，可以治好慢性植物神经功能紊乱。