沙眼特点是除了感染结膜上皮，细胞毒素可以向深部组织进展，形成弥漫性浸润，所以并发症比较多，临床上常见的有以下几个：
1、上睑下垂，由于眼睛局部组织水肿、充血，使上睑重量增加，或者提上睑肌受到浸润而破坏了纤维组织。
2、睑内翻，病菌毒素侵犯到毛囊根部、睑结膜和睑板，组织修复以后可以形成瘢痕收缩，使睫毛位置发生异常。
3、可以导致泪囊炎。
4、损伤到角膜组织，形成角膜溃疡及角膜血管翳。
5、睑球粘连，严重的沙眼使结膜面组织受到损伤，睑结膜和球结膜可以互相发生粘连。
6、眼球干燥，沙眼可以破坏结膜及结膜下组织，使杯状细胞、副泪腺、睑板腺和泪腺的分泌功能受到损伤。