宝宝囟门凹陷的原因有下面几点：
1、体内水分缺失，人体颅内的脑脊液和身体的血液、组织液不断交换才能保持体液平衡，当宝宝身体丢失较多水分时，比如出现发烧、呕吐、严重腹泻时，脑室的脑脊液也会减少，导致压力降低，囟门会明显凹陷。
2、喂养不当造成的营养不良，引起宝宝极度消瘦、皮肤干燥、皮下脂肪少，也会出现囟门凹陷的情况。
3、遗传代谢疾病引起大脑发育不良，表现为头围小、囟门凹陷并过早闭合。