如果发生了弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，常用的药物是咪唑甲酰胺和丙硫氧嘧啶。如果发生了甲状腺功能减退症，是要用左甲状腺素钠替代治疗。
如果发生急性甲状腺炎，是要用抗生素对症治疗。如果发生亚急性甲状腺炎，是一组病毒感染性疾病，疾病呈自限性，所以给予对症治疗，如果患者发烧明显，可给予一定的退烧药。
甲状腺部位疼痛明显时，可给予非甾体类止痛药。根据患者所患的疾病不同，给予治疗的药物也是不同的。发生甲亢时除了用药物治疗以外，还可以用核素碘-131治疗，具体情况由医生根据患者的情况对症指导。