扁桃体炎的致病菌在临床上比较常见的是细菌和病毒混合感染，它属于一种非特异性炎症，具体情况如下：
1、细菌：有乙型溶血性链球菌、肺炎链球菌和葡萄球菌等，流感嗜血杆菌也是比较常见的一种细菌。
2、病毒：包括腺病毒、流感病毒、副流感病毒，还有风疹病毒等，都可以引起。
因此，对于扁桃体炎的治疗，主要以抗细菌感染为主，首选青霉素和头孢类抗生素。如果对青霉素和头孢过敏，可以选择大环内酯类的罗红霉素或阿奇霉素等。