主动脉夹层手术后遗症有以下几个：
第一、最危重的也是最常见的手术后遗症就是夹层出现内瘘，包括一型内瘘、二型内瘘和三型内漏，往往小的内瘘可以动态观察，而较大的内瘘需要二次介入手术。
第二、主动脉夹层如果采用介入治疗的方法，术后可能出现支架内形成血栓，血栓脱落造成远端脏器或者肢体的栓塞，同时有少部分人群可以发生支架的脱落、移位等。
第三、有部分人群在放置主动脉支架术后可以出现低热，而且低热持续存在。
第四、如果是开刀进行了主动脉夹层，它的并发症相对较多，特别是全主动脉弓置换的患者，术后可能会出现脑梗以及肢体栓塞、脏器栓塞，以及腹部出现了肠梗阻，以及相应脏器的缺血等症状。