CHO乙肝疫苗和酵母乙肝疫苗都是基因工程疫苗，虽然两种疫苗的制作工艺不同，但效果是相同的，都可以安全使用。基因工程疫苗也称为重组疫苗，是采用基因工程的重组技术，把乙肝病毒表面抗原的基因片段通过基因工程剪切下来，插入到真核酵母菌细胞或哺乳动物细胞基因中，与宿主细胞内的基因进行重组。让重组后的酵母或CHO细胞在体外培养过程中自身增殖，同时产生乙肝表面抗原基因片段，将其收集并提升之后制成的乙肝疫苗，国际上称为第二代疫苗。
利用酵母细胞生产的疫苗称为重组酵母疫苗，利用哺乳动物细胞生产的疫苗称为重组CHO疫苗，临床实验结果表明乙肝疫苗CHO与酵母疫苗，对于新生儿免疫和乙肝母婴阻断均有良好的效果，并无明显差异，对于新生儿安全也都很好。另有研究显示，由于机体对疫苗的应答情况与疫苗的抗原结构有关，对酵母疫苗免疫低应答或者无应答者，换用高剂量的乙肝疫苗CHO可提高免疫成功率。