怀孕40天，如果B超确定是宫内孕的情况下可以做药物流产。药物流产适用于怀孕49天以内的宫内孕，或者孕囊不大于2.0cm，都可以药物流产。
但是药物流产失败率比人工流产高，一般是口服米非司酮和米索前列醇片来进行药物流产，吃药3天以后会出现腹痛和阴道流血，这个时候孕囊会流出来。
通常在药物流产10天左右复查B超，明确是否流干净，如果药物流产失败，需要进行清宫。如果怀孕天数大于49天，或者孕囊大于2.0cm，不可以进行药物流产，需要进行人工流产。