如果诊断为细菌性阴道炎在未治疗期间来了月经，这时可以选用口服用药进行治疗，主要选择抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑、克林霉素。
如果在治疗前已经阴道塞药治疗了几天，之后来月经了，可以在月经期间改为口服用药继续治疗，待月经结束以后继续口服用药，或者阴道塞药治疗就可以。因为月经期间有可能因为外阴潮湿阴暗的环境，不治疗有可能会导致炎症加重，所以不要中断治疗。
经期注意外阴清洁卫生，勤换洗内裤，在服用甲硝唑期间及停药24小时之内一定要禁止饮酒。