检查幽门螺旋杆菌的费用与采取的检查方式有关，也与检查医院的等级以及所在的区域有关，一般等级越高，相对检查费用比较高，存在明显的区域性。临床上大多采用碳13呼气试验或者是碳14呼气试验检查比较多，也是检查幽门螺旋杆菌的金标准。具体的费用一般在200元左右。
如果通过胃镜检查，同时取胃窦黏膜组织，进行快速尿素酶检测，相对费用就比较低，准确性相对也比较低，一般为数10元左右。也可以通过抽血检测幽门螺旋杆菌抗体毒素，具体费用与所用的试剂有关，存在较大的差异性。