骨纤维异常增殖症最新治疗方法主要是以手术治疗为主，年龄与刮除和植骨能否成功之间有明显的联系。儿童期外科手术后病变易复发，植入骨腔的骨大部分吸收。青少年时期成功与失败概率基本相同，而成年人的治疗容易成功。
单发型的手术治疗方法有刮除、植骨，刮除后采用冷冻外科治疗，进行刮除、植骨并用内固定，刮除病变后用骨骼代用品骨水泥来填充。单纯刮除或者刮除、植骨容易复发，主要是病变清除不彻底，局部病灶大块切除，用自体骨植骨效果较好。对于多发性纤维结构不良患者，不宜实行手术治疗。