妊娠期甲减，尤其是妊娠早期甲减，会对胎儿的中枢神经系统发育造成不良影响。国内的临床研究显示，发生于孕4-8周的妊娠期甲减，会影响胎儿的中枢神经系统发育。
当新生儿出生后，新生儿的神经智力发育评分比正常同年龄的新生儿低8-10分。因此，甲减会对胎儿的中枢神经系统发育造成不良影响，降低新生儿的神经、智力发育水平。尤其是在妊娠早期，发现孕妇甲减时应尽早给予左旋甲状腺素，纠正孕妇的甲减状态。