小儿克罗恩病的治疗和溃疡性结肠炎的治疗基本上是一致，但是具体实施的时候有所不同，5-氨基水杨酸类的药物的治疗应该视其病变部位来进行选择，对于糖皮质激素依赖无效的患者，可以使用免疫抑制剂和抗生素以及生物制剂。很多生物制剂在克罗恩病中的治疗较为普遍，有相当一部分克罗恩病患者在疾病的治疗过程中，最终因为并发症而还需要进行手术治疗，但是术后一般复发率比较高，为了减少手术以及生物制剂的应用，其治疗的目标主要是促进黏膜的愈合，同时还需要给予积极的对症治疗，纠正水电解质的平衡紊乱，有贫血者可需要给予输血，有部分低蛋白血症的还需要给予输注白蛋白，在饮食上得适当的注意，必须要做到戒烟戒酒。