强直性脊柱炎目前的第一位病因就是基因，强直性脊柱炎的患者90%以上都有HLA-B27基因，所以是和基因相关的。目前发现IL-23R基因参与强直性脊柱炎的发病，也就是易感基因。在日本还发现HLB39，也跟强直性脊柱炎发病相关，也就是基因。其次还有环境因素，环境因素最多的就是肠道的感染。强直性脊柱炎的肠道感染发生率非常高，有临床表现10%左右，没有临床表现的，但从病理上，从镜下看到有感染的病人在50%左右。强直性脊柱炎的患者在有遗传易感基因，比如HLA-B27或者IL-23R等易感基因的基础上，如果长期发生肠道的炎症，会促使这个病向强直性脊柱炎发展。强直性脊柱炎真正的病因、触发因素目前并不清楚。