环磷酰胺的不良反应主要表现为以下：
1、骨髓抑制，主要是白细胞的减少。
2、泌尿系统症状，主要是出血性膀胱炎、尿频、尿急、肉眼血尿、排尿困难等等。
3、消化系统的症状，恶心、呕吐、胃纳差。
4、皮肤的症状，脱发。
5、长期应用影响生殖系统，男性可以导致睾丸萎缩、精子缺乏、不育。女性可能导致闭经、卵巢纤维化不孕等等。
6、影响肝功能，出现黄疸、肝酶升高、凝血受损。
7、身体抵抗力的下降，容易并发感染等。
临床使用静脉滴注的环磷酰胺我们会加用水化处理，平时也建议病人适当的多喝水。如果出现严重的不良反应会停用这个药物，改用其他的免疫抑制剂。