慢性乙型肝炎抗病毒药物有两种，干扰素和核苷类抗病毒药物。用干扰素治疗的过程中，第一个月需要每周查肝功及血常规，一个月时复查HBV-DNA。当血常规及肝功的变化不大，或已得到改善，可一个月进行一次检查。当治疗三个月时需进行甲功的检查，根据病情调整为三个月检查一次。
口服核苷类抗病毒药物，当病毒阴转后病情稳定，3-6个月要进行一次检查即可。要注意核苷类药物的不良反应，如有症状随时进行检查，如横纹肌溶解、肾功异常等。口服恩替卡韦需定期检查心肌酶，口服阿德福韦酯或替诺福韦需定期进行肾功能离子的检查。