乳腺癌化疗中，使用脂质体阿霉素药物，常见的副作用包括白细胞和血小板降低，也常称为骨髓抑制，这种反应在治疗早期便可以出现，临床上可以使用重组人粒细胞刺激因子来维持白细胞和中性粒细胞数目。
另外，患者还会出现肝肾功能损伤，常见肝酶升高，同时还有发生恶心、无力、脱发、发热和腹泻。另外还有不常见的不良反应，包括手掌和足底红斑、感觉迟钝。一般患者在治疗6周，或者更长时间会出现这种反应，与剂量和用法有关。
与常规阿霉素相比，脂质体阿霉素与蒽环类毒性对于心脏的损害相近，所以对于使用此类药物的病人，在接受药物治疗的时候，要常规进行心电图监测，3个月进行1次心脏彩超监测。
需要对左心室射血分数进行评定，如果出现严重心脏功能不良，或者充血性心力衰竭，患者不能再使用这个药物。