排卵期后小腹隐隐作痛的原因是排卵性腹痛，这是一种正常的生理性腹痛，不需要做特殊的处理，妇女只需要调整心情，适当休息，劳逸结合就可以缓解。
排卵性腹痛主要是由于卵细胞通过卵巢排出来以后，卵细胞外周的浆膜层破裂，有浆膜液渗出，腐蚀到腹内的一些组织脏器，会引起轻微的小腹疼痛，同时排卵以后子宫内膜发生变化会引起少量的阴道出血，这都是正常的生理现象。
如果排卵后小腹疼痛持续超过三天，而且疼痛较严重的时候，考虑不是排卵性腹痛，可能是一种病理性腹痛。病理性腹痛包括妇科的炎症，也包括肠道方面的疾病，要及时到医院去检查诊断并对症治疗。