核磁共振在胸部的应用不如CT广泛，主要应用在两个方面，具体如下：
第一、核磁具有良好的组织特性，所以对于纵隔的肿瘤，如纵隔脂肪瘤、纵隔囊肿、胸腺瘤、神经源性肿瘤有比较好的显示。
第二、尤其是对于碘过敏的患者来讲，平扫的核磁能够显示腔静脉栓塞、肺动脉栓塞等大血管的病变。对于这部分患者来讲，平扫的核磁是要优于平扫CT，并且同时可以进行不使用对比剂的核磁血管成像，来显示亚段的肺内血管。
核磁对于肺内孤立性病变、弥漫性病变以及肺气肿等，显示价值不如CT。肺CT是断层图像，它与胸片相比，密度分辨率高，没有断面以外的组织结构干扰，对于病变的检出及诊断效率都要高于胸片。目前的CT检查包括常规的CT检查、高分辨CT、低剂量CT、增强CT，以及CT肺血管成像。临床医生可以根据不同的病变需求，选择合适的CT检查方式，比如目前对于高危患者的肺癌筛查，推荐低剂量CT。