指甲有坑可能是甲真菌病、甲营养不良，或银屑病甲的表现。指甲有坑最常见的病因是灰指甲，真菌累及甲板时表现为指甲的浑浊、增厚、变黄、凹凸不平等，如出现凹坑的同时有上述症状，应高度怀疑灰指甲。
指甲作为身体的末端，当身体健康状态较差时，常有甲营养不良的表现，缺钙或者微量元素等。同时有头发黄、精神较差的表现，可完善血清微量元素检查明确。还有部分银屑病的病人，角质层细胞堆在在一起，皮肤上表现为厚层鳞屑，指甲上可表现为凹凸不平，单凭肉眼难以与灰指甲鉴别。