植物神经紊乱是非器质性病变，在诊断植物神经紊乱时需要排除机体其它系统的器质性病变，因为植物神经紊乱涉及机体多个系统，如心血管系统、呼吸系统、消化系统、内分泌系统、代谢系统、泌尿生殖系统等。
所以在诊断植物神经紊乱之前需要做相关的检查，如血常规生化全项的检查、头颅核磁共振、腹部的超声、腹部CT检查、胃肠镜检查、吹气试验检查以及心脏的彩超检查、24小时动态心电图检查，必要时行心脏的冠状动脉造影检查。
排除器质性病变以后，必要的体格检查也需要进行，如卧立位试验检查、发汗试验、竖毛反射以及皮肤划痕试验，之后根据其临床典型的症状。
如体位性低血压、胸闷、憋气、心慌、濒死感、胃痛、胃胀、呕吐，以及女子的月经不调、男子遗精、失眠、健忘、四肢麻木，伴随的症状有紧张、焦虑、恐惧等来确诊植物神经紊乱。