直肠阴道瘘的症状主要是轻度的易粪，易出大便到显著易便不等。在腹泻或者是解稀便的时候尤其明显，有时候阴道有排气，一般＞2cm者，在排便的时候，粪便可以从瘘口溢出；＜2cm者在排稀便的时候粪便可以从瘘口溢出。瘘口小或者肛门狭窄，或者肛门闭锁的时候表现为慢性不完全性的肠梗阻；瘘口较大者没有肠梗阻的症状，但是有排便异常、排便位置异常、排便时疼痛和粪便变形的情况。患者早期基本能维持排便，对幼儿的发展、发育影响不大，甚至较大儿童也能正常排便，只有部分的患者出现了实际状况。