甲亢治疗期间怀孕了，宝宝是否可以保留，需要检查以下几个指标，最后综合评定：
一、甲状腺激素是否控制在正常范围内了，已经过了冲击治疗阶段，甲状腺激素如果是在正常范围内，相对对宝宝的影响要小一些。
二、看服用哪一种抗甲状腺激素的药物，如果是用丙基硫氧嘧啶，致畸率要小一些，可以考虑要这个孩子，同时还要看一下肝肾功能是否正常。如果是头胎年龄大，不易再怀孕，这个孩子还是应该考虑要的，如果是二胎或者三胎根据实际情况来确定，还要看一下妊娠期间做的唐筛结果如何。