衣原体感染，可以引起动物以及人类的各个脏器的感染，比如子宫感染、肺炎、支气管炎、胃肠炎、脑脊髓炎、结膜炎以及关节炎等等多种疾病。因此在临床表现上，根据感染的部位不同，表现也不同。如果是肺炎衣原体感染，患者可以表现为咽痛、声嘶、流涕、发热、咳嗽，而且咳嗽是以刺激性干咳为主，容易合并胸腔积液。如果是眼睛患有衣原体感染，即沙眼衣原体感染，患者可以出现流泪，眼睑出现脓性的分泌物，结膜充血。