甲状腺功能减退症的分类有很多种，根据病变的部位或者性质有不同的分类方法。
第一、根据病变部位分类，这是临床上最常用的一种分类方法，甲状腺本身病变引起的甲状腺功能减退症，被称为原发性甲状腺功能减退症，发生比例大约占了甲状腺功能减退症的95%以上，自身免疫性甲状腺疾病、甲状腺手术和碘-131治疗三大原因占原发性甲状腺功能减退症95%以上；下丘脑和垂体病变引起的TRH和TSH产生或分泌减少所导致的甲状腺功能减退症，被称为中枢性甲状腺功能减退症或继发性甲状腺功能减退症，垂体外照射、垂体大腺瘤、垂体手术、颅咽管肿瘤以及产后大出血是最常见的原因；甲状腺激素受体对甲状腺激素不敏感引起的甲状腺功能减退症，被称为甲状腺激素抵抗综合征。
第二、根据病变部位分类，分为药物性甲状腺功能减退症、手术后甲状腺功能减退症、碘-131治疗后甲状腺功能减退症、特发性甲状腺功能减退症、垂体或下丘脑肿瘤手术后甲状腺功能减退症等。
第三、根据甲状腺功能减退的程度，分为临床甲状腺功能减退症和亚临床甲状腺功能减退症。
第四、根据是否由自身免疫性病变引起，分为自身免疫病变所引起的甲状腺功能减退症和非自身免疫性病变引起的甲状腺功能减退症。
第五、根据是否碘缺乏，分为碘缺乏所致的甲状腺功能减退症和非碘缺乏所致的甲状腺功能减退症。