静脉窦的血栓发生后，如果没有明显禁忌症的病人，应该尽早给予皮下注射低分子肝素或者是给予静点肝素进行抗凝治疗。如果存在出血性静脉性梗死、脑内出血或者是蛛网膜下腔出血，都不是抗凝治疗的禁忌症。
皮下注射低分子肝素比普通肝素更有效，所以应该优先选择皮下注射低分子肝素，除非存在病人临床状态不稳定，准备进行腰椎穿刺或手术等其他有创性治疗，或者是存在低分子肝素治疗的禁忌症，比如肾衰竭等，均应首先选择皮下注射低分子肝素。