肌间静脉发生血栓仍有很大的概率发生血栓脱落导致肺栓塞，所以其治疗与深静脉血栓无明显区别。应该在正规医院的血管外科就诊，并进行血常规、凝血常规、D-二聚体以及下肢彩超的检查，根据病人的检查结果，如果没有抗凝治疗的禁忌症，则应该尽早进行规范的抗凝治疗以及溶栓治疗。
如果病人疼痛的症状较重也可以同时给予口服的非甾体类抗炎药，如布洛芬或双氯芬酸钠，3-5天即可缓解疼痛。在治疗中要注意身体皮肤黏膜是否有出血的情况，也要注意是否在治疗中出现咳嗽、咯血、胸痛等疑似肺栓塞的症状，如果出现类似症状应及时告知医生。