临床上引起吞口水疼、喉咙痛的原因很多，主要有以下几点：
1、咽喉部的急性感染性炎症，比如急性扁桃体炎、急性会厌炎，是感染导致咽喉部黏膜充血、水肿、疼痛，甚至出现呼吸困难等症状。
2、咽喉部黏膜的其他疾病，比如咽喉部黏膜溃疡，吞咽时也会出现咽喉部的疼痛。咽喉部良、恶性肿瘤，在吞咽的时候出现咽喉部的异物感、咽喉部的疼痛。
3、其他疾病，比如咽喉部的神经痛，在吞咽的时候，尤其是吞咽酸性物质的时候，会刺激咽喉部黏膜，出现神经反射性的疼痛。